Nama Kapoa dulu diambil dari cerita masa lampau bahwa sewaktu pemerintahan kesultanan Buton masih memerintah, daerah Kadatua dikenal dengan sebutan Bontona Gama yaitu gabungan dari empat wilayah Kadie ( wilayah kecil yang otonom) yaitu Banabungi, Lipu, Kaofe dan Kapoa. Nama kapoa sendiri tidak muncul dengan sendirinya, dahulu sebelumnya masyarakat tidak mengenal istilah nama Kapoa, tapi Kadie. Saat itu kampung tempat tinggal mereka namakan bungi, yaitu yang dalam bahasa daerah setempat artinya tempat yang putih bersih,tandus. Karna konon dahulu didaerah itu hanyalah sebuah hamparan pasir putih yang luas dan tandus, dan bilamana air laut pasang maka dari kejauhan hamparan pasir putih ini bagaikan sebuah hamparan pasir yang terpisah dan muncul sendirinya ditengah laut,sehingga orang setempat menamakannya bungi, dan sewaktu-waktu hamparan pasir putih ini muncul,sehingga sering di jadikan tempat singgah para nelayan dari berbagai daerah dan bertemu ditempat itu. Karna seringnya para nelayan, pelancong dan pelaut bertemu di pasir putih itu membuat pihak kesultanan Buton mengutus perwakilan dari kesultanan Buton untuk mengatur dan memimpin pulau atau pertemuan para nelayan yang singgah di tempat yang bernama Bungi ini, dan apabila utusan kesultanan tersebut hadir dalam bahasa lokal setempat disebut KAPO, atau POKAPO yang artinya lengkap, ketemu, atau sudah genap (istilah sebutan itu dikenal dalam bahasa Muna, Mawasangka, juga Wolio) sehingga mulai dilupakan nama Bungi yang menjadi nama tempat yang dikenal selama ini namun diganti dengan istilah KAPOA. Utusan dari kesultanan Buton tersebut juga diberi gelar LAKINA KAPOA artinya Pimpinan Pertemuan yang menggenapkan atau melengkapi Pertemuan dengan penduduk sekitar .
Tahun 1960an Kapoa resmi menjadi sebuah desa dengan Kepala Desa yang pertama LAHAJI(purnawirawan) yang diutus langsung oleh pemerintah daerah, pembangunan utamanya yaitu membuka akses-akses jalan dengan desa tetangga serta pembuatan benteng perahu sebagai tempat perlindungan perahu nelayan dan mencegah abrasi pantai secara langsung yang akan mengikis pemukiman warga yang berada di pesisir pantai. Namun, pembangunan benteng ini sampai sekarang belum selesai pada saat itu pemerintah sedang melakukan pembersihan sisa-sisa PKI dan terjadi struktur pemerintahan sipil dan militer. kemudian LaHaji diganti oleh LAMBISA/La imtari selama 3 tahun dengan meneruskan pembanguan yang dirintis oleh Lahaji.
Pada tahun 1971 sejak berlakunya UU no.5/1970 tentang Desa, dilaksanakan pemilihan pertama kepala desa periode delapan tahun dengan calon tunggalnya yaitu LA ANGGURU yang merupakan penduduk asli desa Kapoa. Masa pemerintahan ini pembangunan yang dilaksanakan yaitu membuat masjid dengan dana swadaya masyarakat, Balai desa, perintisan sekolah, dan memindahkan warga kampung masingkaru untuk bergabung dengan desa Kapoa. Kades ini hanya memerintah selama enam tahun karna mengalami sakit sehingga pemerintahan di lanjutkan oleh LA ANGI yang saat itu masih dipercayai oleh warga sebagai Bonto (Kepala Kampung). LA ANGI memimpin selama enam belas tahun (1978-1993).
Tahun 1994-2000 Desa kapoa dipimpin oleh KAHARUDIN yang melakukan program rehabilitasi jembatan, balai desa dan lain sebagainya. Kemudian diganti oleh HANDALI yang pada saat itu sebagai pelaksana Jabatan Kepala Desa.
Pada Tahun 2002-2013 desa Kapoa dipimpin oleh H.DARWIN banyak program pemberdayaan yang masuk didesa antara lain, Lakamali dengan program CLAPP untuk pemberdayaan masyarakat miskin terutama nelayan, P2KP, PNPM-MP, P2IP, BLOGREN yang kesemuanya sasaran pembangunan fisik dan dana bergulir khusus perempuan dan orang miskin. Pada masa ini juga di lakukan pembongkaran Batu Poowu. Kemudian pada Tahun 2013-2019 Kapoa dipimpin oleh H. USMAN, dengan melakukan pembangunan menggunakan ADD dan DD.
Tabel 1. Sejarah Pemerintahan Desa
| No | Periode | Nama | Keterangan |
| 1 | 1960an | LA HAJI | |
| 2 | 1968 | LAMBISA/LAIMTARI | |
| 3 | 1971 | LA ANGGURU | |
| 4 | 1978-1973 | LA ANGI | |
| 5 | 1994-2000 | KAHARUDIN | |
| 6 | 2001-2002 | HANDALI | PJ |
| 7 | 2002-2013 | H. DARWIN | |
| 8 | 2013-2019 | H. USMAN | |
| 9 | 2019 | LA ODE EMARUDDIN ASNAWI,SH | PJ |